傳統的消毒方法是用甲醛熏蒸，如上所說，甲醛熏蒸的弊病不少。用臭氧滅菌來代替是最簡便易行的好方法。其方法極為簡單，根據潔凈廠房空間的大小取選標準定型的臭氧發生器。然后將臭氧發生器直接放到空調凈化系統的風道中，稱為內置式臭氧發生器。臭氧隨著風道的氣流送入各潔凈區，對潔凈區進行空間消毒滅菌，剩余臭氧吸入風口，由中央空調帶走。也可以將臭氧發生器放置在空調機組中，將臭氧打入中央空調的風道中，然后被送到各潔凈室，稱為外置式臭氧發生器。外置式臭氧發生器安裝檢修方便，但制造成本要高一點。兩種方法消毒效果是一樣的。按照衛生部消毒規范，對空氣消毒的臭氧濃度是5ppm,但事實上潔凈區消毒不僅是對空氣的消毒，實際上還包括了設備、器具等物體表面的消毒，所以一般設計濃度為10ppm，相當于每立方米空氣中臭氧含量20毫克。每天上班前開機兩小時，上班時關機，就可以保證一天內潔凈區的浮游菌和沉降菌達到GMP的要求。
對于有潔凈度要求的房間，機內裝有過濾器，使臭氧發生器具有自潔功能，以達到消毒和潔凈的目的。
在藥品的生產過程中，常常要對原材料、工器具等進行表面消毒，利用臭氧發生器消毒簡便易行，且消毒效果很好。
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